Έντομα και ζώα μπορούν να προκαλέσουν σημαντικά προβλήματα σε αμπελώνες. Επιπλέον, υπάρχουν αρκετές οικογένειες ασθενειών που μπορούν να προσβάλλουν το αμπέλι με διαφορετικό τρόπο και σε διαφορετικό βαθμό.
Ζώα: τα ζώα μπορούν να προκαλέσουν προβλήματα σε αμπελώνες, είτε τρώγοντας το σταφύλι και συνεπώς μειώνοντας τις ποσότητες που θα τρυγηθούν, είτε τρώγοντας τα φύλλα, κάτι που εμποδίζει τη φωτοσύνθεση, μειώνει συνεπώς τη δυνατότητα του φυτού να ωριμάσει το σταφύλι. Οι λαγοί, τα αγριογούρουνα, τα πτηνά και τα πρόβατα είναι λίγοι μόνο από τους εν δυνάμει «εχθρούς».
Έντομα: το πιο γνωστό έντομο-εχθρός του αμπελιού είναι με διαφορά η φυλλοξήρα, αν και αράχνες, σφίγγες, ακρίδες και άλλα μπορούν να δημιουργήσουν προβλήματα. Σε γενικότερο επίπεδο, τα έντομα μπορεί να τρέφονται -και συνεπώς να δημιουργούν εκεί δυσάρεστες καταστάσεις- στο ριζικό σύστημα, στο ξύλο, στην πράσινη βλάστηση, στα φύλλα και φυσικά στο σταφύλι. Σε περίπτωση που το πρόβλημα γίνεται σημαντικό, κάποιοι ψεκασμοί με εντομοκτόνες ή απωθητικές ουσίες μπορούν να φανούν χρήσιμοι.
Φυλλοξήρα (phylloxera vastatrix): το πιο γνωστό έντομο-εχθρός του αμπελιού είναι με διαφορά η φυλλοξήρα η οποία εμφανίστηκε στα τέλη του 19ου αιώνα στην Ευρώπη. Η εξάπλωση του εντόμου που μπορούσε να βλάψει σοβαρά τα ριζικά συστήματα των αμπελιών, οφείλετο και στις εισαγωγές φυτών από την αμερικανική ήπειρο, και οδήγησε στην καταστροφή τεράστιων εκτάσεων αμπελοκαλλιεργειών σε ολόκληρη την Ευρώπη. Ίσως το είδος vitis vinifera να είχε εξαφανιστεί αν δεν γινόταν η παρατήρηση πως τα αμερικάνικα αμπέλια, του γένους vitis αλλά όχι vitis vinifera, είχαν μία φυσική αντίσταση στη φυλλοξήρα. Ως λύση βρέθηκε η φύτευση αμερικάνικων αμπελιών στο έδαφος και στη συνέχεια κέντρωμα του ευρωπαϊκού αμπελιού στο πάνω μέρος. Με αυτό τον τρόπο, το υποκείμενο ήταν αμερικάνικο και έτσι ανθεκτικό στην φυλλοξήρα, ενώ το υπερκείμενο κομμάτι του φυτού, από το οποίο παράγεται και το σταφύλι, παρέμεινε στις παραδοσιακές ποικιλίες του εκάστοτε τόπου.
Ασθένειες: Υπάρχουν αρκετές οικογένειες ασθενειών που μπορούν να προσβάλλουν το αμπέλι με διαφορετικό τρόπο και σε διαφορετικό βαθμό.
Οι πιο σημαντικές είναι ασθένειες που οφείλονται σε μύκητες και συγκεκριμένα το ωίδιο και ο περονόσπορος. Ο περονόσπορος αναπτύσσεται σε περιοχές με υγρό κλίμα ενώ αντίθετα το ωίδιο σε περιοχές με θερμό και ξηρό. Μπορούν να δημιουργήσουν σημαντικά προβλήματα ποιότητας σταφυλιού και η χρήση φυτοφαρμάκων μπορεί να προσφέρει λύση αν και ο καλός αερισμός όλων των φύλλων του φυτού είναι η καλύτερη επιλογή.
Βοτρύτης (botrytis cinerea): ο βοτρύτης είναι και αυτή μία ασθένεια που οφείλεται σε μύκητα. Σε συνθήκες μεγάλης υγρασίας αρχίζει ανεξέλεγκτη ανάπτυξη του βοτρύτη που οδηγεί στην φαιά (γκρι) σήψη, μία πάρα πολύ δύσκολη για την ποιότητα του φρούτου κατάσταση. Αν όμως κατά τη διάρκεια του πρωινού υπάρχει υγρασία (που διευκολύνει την εξέλιξη του βοτρύτη) αλλά στη συνέχεια αυτή πέφτει και ανεβαίνει η θερμοκρασία, τότε έχουμε τη δημιουργία ευγενούς σήψης -ένα ήπιο σταφίδιασμα του σταφυλιού που μπορεί να χρησιμοποιηθεί για την παραγωγή γλυκών επιδορπίων κρασιών υψηλότατης ποιότητας. Τα πιο γνωστά από αυτά είναι τα Sauternes της Γαλλίας και τα Tokaji της Ουγγαρίας. Γενικά, ποικιλίες με σχετικά λεπτή φλούδα μπορούν να δημιουργήσουν καλύτερες προϋποθέσεις για ευγενή σήψη, όπως το Chenin Blanc του Λίγηρα, το Sémillon στο Bordeaux και το Riesling σε Αλσατία, Αυστρία και Γερμανία.
